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Ben presto egli fu costretto ad entrare in quell’infermeria nella quale per tanti anni aveva prestato servizio. Sapeva che quello era il segnale della sua dipartita.
“Questa è la fine della mia peregrinazione, morirò di  questa infermità e nessuna medicina mi gioverà”, disse.
E così fu in effetti, perché risultarono inutili tutti i rimedi che gli furono dati.
Fu molto duro per lui abbandonare tutti gli infelici, i bambini, gli schiavi e gli orfani che aveva raccolto nell’ospizio di Santa Cruz.
Martino andava con la sua mente alla città di Lima e non sapeva a chi avrebbe affidato le sue mille necessità.
Era triste perché aveva amato molto i poveri che ricevevano, così come i ricchi che davano con generosità.
Vedendo che i medici non potevano fare nulla per lui, il Priore del convento andò al capezzale dell’infermo e gli chiese se i fatti che si raccontavano di lui erano veri.
– Per Amore di Dio, non fatemi questa domanda! Se è volontà di Dio, state certo che queste cose si sapranno a suo tempo.
Allora il Padre Priore sospese l’interrogatorio e con grandissima solennità gli somministrò l’Estrema Unzione.

La notizia della sua gravità corse rapida per le vie di Lima, anche il Viceré, l’Arcivescovo, le autorità, la nobiltà e tutti coloro ai quali aveva dedicato parte della sua vita, vennero a chiedere notizie del Santo, a baciargli la mano a lui che si autodefiniva “un povero mulatto”.
Era il 3 novembre del 1639, quando Frate Martino de Porres y Velazquez, oggi San Martino de Porres, per canonizzazione di Sua Santità S. Giovanni XXIII chiuse gli occhi per non aprirli se non in cielo.
Alla sua morte sfilarono al suo capezzale tutte le autorità dei Vicereame, come pure tutti gli innumerevoli poveri per i quali aveva sempre avuto un sorriso, una parola di conforto, una promessa.

Il giorno dopo vennero celebrate le esequie.
Il feretro, coperto di fiori, fu accompagnato dagli uomini del Viceré, dell’Arcivescovo del Messico, del Vescovo di Cuzco e del rappresentante del Re, fino alla clausura del convento dove ricevette la sepoltura.
Da quel momento migliaia di persone vanno a prostrarsi ai piedi del Sepolcro per chiedere grazie e, per sua intercessione, quasi sempre sono ascoltate da Dio. Raccomandiamoci quindi all’Angelo protettore di Lima che, avendo dedicato la sua vita al bene corporale e spirituale dei suoi fratelli, con una carità tanto feconda e comprensiva per i bisogni dei poveri, siamo certi che non potrà non dispensarci i suoi favori se ci rivolgeremo a lui come facevano un tempo i suoi fratelli di Lima.
Chiediamo a San Martino de Porres l’assoluzione e il rimedio dei nostri problemi, sicuri che troveremo in lui, finché siamo in terra, la grazia richiesta e un giorno la gloria dal cielo.
Oh buon Fratello Martino, ti rivolgiamo le nostre lacrime e la speranza di essere uditi da Dio come lo furono i tuoi fratelli durante la tua vita.